Departemen Pulmonologi & Ilmu Kedokteran Respirasi merupakan salah satu dari 31 Bagian di lingkungan Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, secara resmi dikukuhkan pada bulan September 1978. Meskipun demikian kekhususan Departemen ini adalah berlokasi di luar RSCM yaitu RS Persahabatan, Jakarta sejak awal berdirinya. Bagian Pulmonologi & Ilmu Kedokteran Respirasi FKUI – RS Persahabatan dengan RS Persahabatan dapat diibaratkan merupakan dua sisi mata uang. Perkembangan Bagian juga mewarnai perkembangan RS Persahabatan. Sebagai salah satu contoh adalah Visi dan Misi RS Persahabatan yang diwarnai oleh masalah kesehatan paru dan respirasi.

Dalam sejarah perjalanannya Departemen Pulmonologi & Ilmu Kedokteran Respirasi telah dipimpin oleh 5 orang yaitu :
· Dr. Sugondo 1969
· Prof. dr. Rasmin Rasjid, Sp.P(K) 1969 – 1987
· Prof. dr. Hadiarto Mangunnegoro, Sp.P(K) 1987 – 1998
· Prof. dr. Anwar Jusuf, Sp.P(K) 1998 – 2006
· Dr. Priyanti Z Soepandi, Sp.P(K) 2006 - sekarang

Perkembangan Bagian Pulmonologi & Ilmu Kedokteran Respirasi FKUI tidak terlepas dari perkembangan ilmu penyakit paru sendiri. Kemajuan di bidang Pulmonologi selalu membawa dampak peningkatan kemajuan Bagian.Guna menyesuaikan dengan keadaan tersebut maka struktur organisasi juga mengalami penyesuaian. Departemen dibagi atas 7 divisi .